Nel 2029, in un mondo dove uomini e macchine sono sempre più integrati, il maggiore Motoko Kusanagi, agente della Sezione 9, è incaricata di fermare il misterioso hacker conosciuto come il Burattinaio. Mentre l'indagine si infittisce, Motoko inizia a interrogarsi sulla propria identità e sul confine tra essere umano e intelligenza artificiale.